冬小麦监督分类结果

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RNA-seq数据的准确性(a)和相关性分析(b)

2023, 44(5): 818-826.

拟南芥H3K27甲基转移酶CLF响应环境温度和参与温度形态建成研究 .

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用途 Usage	名称 Name	序列 Sequence
基因分型 Genotyping	clf-29-BP	5′-ATTTTGCCGATTTCGGAAC-3′
	clf-29-LP	5′-AAGAAACTTGCTAGTTCCGCC-3′
	clf-29-RP	5′-GAGGCATTGACTTTGATTTGC-3′
RT-qPCR	SUS1-F	5′-GGCTAGGCTTGATCGTGTCA-3′
	SUS1-R	5′-GATCCACCTGAACTGACCGT-3′
	LHCA1-F	5′-CAGTCCCGTGGGGTACTTTG-3′
	LHCA1-R	5′-GCCGCCCGTTCTTGATCTC-3′
	B1L-F	5′-AATCTCCGATGGACCGTTTGA-3′
	B1L-R	5′-AGAGCTTTCTTAGCTCGCCG-3′
	DIN10-F	5′-CGCTTTCTGATCTTGGAAATCGC-3′
	DIN10-R	5′-ACACCGGTTAGAATCGTCCG-3′
	ACTIN 2-F	5′-AGTGTTAGCTGCTGCCGCTGT-3′
	ACTIN 2-R	5′-ACCAGCAAAACCAGCCTTCACCA-3′

本研究用到的引物

θ/ ℃	样品 Sample	N_raw	N_trim	η_trim/%	N_map	η_map/%	N_filter	η_filter/%
22	Col-0-1	37 244 778	37 224 204	99.94	36 546 723	98.18	32 101 104	87.84
	Col-0-2	22 235 624	22 206 546	99.87	21 582 542	97.19	19 117 943	88.58
	Col-0-3	33 187 892	33 167 450	99.94	32 477 567	97.92	22 820 849	70.27
	clf-29-1	34956528	34 928 744	99.92	34 052 033	97.49	30 609 312	89.89
	clf-29-2	32 170 570	32 138 512	99.90	31 122 935	96.84	27 113 262	87.12
	clf-29-3	33 342 874	33 311 222	99.91	32 488 435	97.53	29 058 947	89.44
16	Col-0-1	22 773 106	22 750 524	99.90	22 163 560	97.42	20 064 343	90.53
	Col-0-2	28 556 576	28 521 012	99.88	27 642 565	96.92	24 617 366	89.06
	Col-0-3	29 554 426	29 506 424	99.84	28 694 997	97.25	26 892 274	93.72
	clf-29-1	31 924 456	31 886 896	99.88	30 662 439	96.16	28 160 281	91.84
	clf-29-2	34 539 696	34 510 886	99.92	33 692 978	97.63	29 642 353	87.98
	clf-29-3	30 517 278	30 473 504	99.86	29 717 761	97.52	25 571 998	86.05
1) N_raw：原始测序的reads数目；N_trim、η_trim：除去低质量碱基后的reads数目和对应的比例；N_map、η_map：比对到拟南芥基因组的reads数目和对应的比例；N_filter、η_filter：比对到拟南芥染色质上且高比对质量的reads数目和对应的比例　1) N_raw: The number of raw reads; N_trim, η_trim: The number and corresponding proportion of reads after removing the low quality bases; N_map, η_map: The number and corresponding proportion of reads that aligned on Arabidopsi genome; N_filter, η_filter: The number and corresponding proportion of reads that aligned on Arabidopsi with high quality

RNA-seq数据统计¹⁾

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