火炬松热胁迫cDNA文库的EST-SSR预测

林元震,刘纯鑫,黄少伟,陈晓阳,LIN Yuan-zhen,LIU Chun-xin,HUANG Shao-wei,CHEN Xiao-yang(热带亚热带林业生物技术实验室,华南农业大学,林学院,广东,广州,510642);郭海,GUO Hai(水利部水土保持植物中心,北京,100038)

基金项目: 广东省自然科学基金，国家科技支撑计划专题项目

EST-SSR Prediction of Heat Induced cDNA Library of Pinus teada

摘要: 以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行EST-SSR标记的预测.结果表明:火炬松热胁迫eDNA文库4 283条EST序列经CAP3拼接后,获得2 062个UniGene,其中934个Contig,1 128个Singletons.对UniGene利用SSRIT在线软件分析得到110条EST-SSR.拼接后的UniGene含有SSR位点的频率为4.32%,SSR在火炬松EST上的分布密度为每14.6 kb出现1个SSR.这些EST重复基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复最多,分别占60.90%和36.36%;四、六核苷酸重复分别占0.91%、2.73%;没有五核苷酸的重复基序.所有的核苷酸重复基元中,二核苷酸AT所占比例最高,约占42.73%;三核苷酸重复中,比例最高的是AAG和AGG,均占7.33%.上述研究结果对于开发火炬松新分子标记与开展分子辅助育种的研究具有一定的指导意义.
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