Cloning of chicken circSFMBT2 and its effect on proliferation of DF-1 cells
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摘要:目的
验证鸡circSFMBT2的环形结构，探究其表达规律及功能。
方法以麒麟鸡和DF-1细胞为研究对象，根据反向剪切位点序列特征设计引物，通过PCR和测序验证circSFMBT2的环形结构。通过RNase R和反转录试验分析circSFMBT2的基本特性，利用qRT-PCR探究不同组织、不同时期circSFMBT2的表达水平。通过构建过表达载体，结合qRT-PCR、Edu和CCK-8等试验，探究circSFMBT2对鸡DF-1细胞增殖的影响。
结果鸡circSFMBT2全长827 nt，由SFMBT2基因外显子12~18环化形成。RNase R耐受性试验表明，circSFMBT2不易被RNase R降解，随机引物对circSFMBT2的反转录效率是Oligo-d(T)18引物的8倍。组织表达谱表明，circSFMBT2在麒麟鸡14胚龄以及1周龄的肝脏和脾脏中高表达、在胸肌和腿肌中低表达。circSFMBT2在胸肌和腿肌的时序表达谱表明，circSFMBT2在胚胎时期表达量较高，出生后表达量迅速下降。在DF-1细胞中circSFMBT2过表达48 h后，增殖标记基因PCNA和CCND1的表达量分别较对照组上调85%和92%。Edu和CCK-8细胞增殖试验表明，鸡circSFMBT2可以促进细胞增殖进程。
结论circSFMBT2是鸡SFMBT2基因的一个环状转录本，可以促进DF-1细胞的增殖，研究结果为深入探究鸡circSFMBT2的生物学功能和作用机制奠定了基础。
Abstract:ObjectiveIn order to verify the circular structure of chicken circSFMBT2 and explore its expression and functions.
MethodKirin chicken and DF-1 cells were used in this study. Primers were designed according to the reverse splicing site, and the circular structure of circSFMBT2 was verified by PCR and sequencing. The characteristics of circSFMBT2 were analyzed by RNase R and reverse transcription experiments. The expression levels of circSFMBT2 in different tissues and periods were explored by qRT-PCR. The effect of circSFMBT2 on proliferation of chicken DF-1 cells was investigated by qRT-PCR, Edu and CCK-8 methods.
ResultThe full length of chicken circSFMBT2 was 827 nt and it was formed by cyclization of exons 12−18 of SFMBT2 gene. RNase R tolerance experiments indicated that circSFMBT2 was not easily degraded by RNase R. The reverse transcription efficiency of random primers on circSFMBT2 was eight times of that of oligo d(T)18 primer. The tissue expression profile exhibited that circSFMBT2 expression was high in liver and spleen of Kirin chickens at the age of 14 embryonic and one week old, and low in the pectoral and leg muscles. The temporal expression profile of circSFMBT2 in the pectoral and leg muscles indicated that circSFMBT2 expression was high in embryonic period and decreased rapidly after birth. When circSFMBT2 was overexpressed in DF-1 cells for 48 h, the expressions of PCNA and CCND1 were up-regulated by 85% and 92% respectively compared with control group. The Edu and CCK-8 cell proliferation tests showed that circSFMBT2 promoted the cell proliferation process.
ConclusionThis study confirms the existence of circSFMBT2 as a circular transcript of chicken SFMBT2 and circSFMBT2 can promote DF-1 cell proliferation, which lays a foundation for further exploring the biological function and working mechanism of circSFMBT2 in chicken.
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Keywords:
- Chicken /
- SFMBT2 /
- circRNA /
- DF-1 cell /
- Cell proliferation
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东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是一种专性侵染成年蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌病原，对蜂王、工蜂、雄蜂和幼虫均有感染性[1]。东方蜜蜂微孢子虫侵染能引起蜜蜂中肠上皮细胞结构破坏、细胞凋亡和免疫应答抑制，哺育力下降，寿命缩短，严重影响蜂群群势和生产力[2]。目前，东方蜜蜂微孢子虫的参考基因组[3]和全长转录组[4]均已公布，为深入开展相关分子生物学研究奠定了基础。
染色体结构维持(Structural maintenance of chromosome，SMC)蛋白在细菌、古生菌和真核生物中广泛存在，可直接参与染色体的形成与结构维持等动态变化及DNA的复制、重组和修复等过程，因而对染色质结构的组织、细胞分裂过程中遗传物质的准确分离等均具有关键作用[5]。在水稻中，SMC1和SMC3-1基因被证实参与DNA双链断裂损伤修复和有丝分裂等生物学过程[6]。作为SMC复合体蛋白的成员之一，凝聚蛋白复合体Ⅰ通过分级折叠启动早期的染色质凝聚，起到塑造、稳定染色体的作用[7]。敲除凝聚蛋白复合体Ⅰ或Ⅱ的特异亚基均能引起中期染色体结构的明显异常[8]。然而对于东方蜜蜂微孢子虫，SMC相关研究至今依然缺失。
近期，笔者团队测定了nce-miR-15325及其靶向的核凝聚复合体亚基(Nuclear condensin complex subunit，NCCS)基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达谱，并发现nce-miR-15325与NCCS具有相似的表达规律。本研究利用生物信息学方法解析东方蜜蜂微孢子虫NCCS编码的SMC的分子特性，预测和分析东方蜜蜂微孢子虫和其他物种SMC的保守基序和结构域，并进行系统进化分析，以期丰富东方蜜蜂微孢子虫SMC的基础信息，并为深入开展相关功能研究提供理论依据。
1. 材料与方法
1.1 SMC的分子特性分析
根据前期基于东方蜜蜂微孢子虫转录组数据[9]预测出的NCCS序列，利用NCBI网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上的ORF工具预测相应的氨基酸序列。通过Expasy网站(https://www.espasy.org/resources)上的Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析SMC的理化性质、亲水性和三级结构。使用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM及SOPMA等软件[10]预测SMC的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域和二级结构。采用PSORTⅡ软件(https://www.genscript.com/psort.html)[11]进行SMC的亚细胞定位预测。
1.2 SMC的保守基序和结构域预测
使用MEME软件(https://meme-suite.org/)[12]预测东方蜜蜂微孢子虫、海伦脑炎微孢子虫Encephalitozoon hellem、菲尼斯毕罗酵母Piromycesc finnis、发廯菌Trichophyton tonsurans和黑曲霉Aspergillus melleus等10个物种SMC的保守基序。通过Pfam网站(http://pfam.xfam.org/search#tabview=tab1)查找东方蜜蜂微孢子虫等10个物种SMC保守结构域相关信息。采用TBtools软件预测上述10个物种SMC的结构域，选择默认参数。
1.3 SMC蛋白的系统进化分析
利用Blast工具将东方蜜蜂微孢子虫SMC氨基酸序列比对到NCBI GenBank数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)，搜索序列相似性较高的其他物种的SMC。通过Mega 11.0软件[13]对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的SMC进行氨基酸序列多重比对，采用邻接法构建基于SMC的系统进化树，选择软件默认参数。
2. 结果与分析
2.1 SMC的分子特性
东方蜜蜂微孢子虫NCCS含有3 093个核苷酸，编码的SMC含有1 102个氨基酸。SMC的分子式为C5787H9418N1526O1771S41，相对分子质量约130 020，等电点为8.28；包含195个负电荷氨基酸，其中天冬氨酸和谷氨酸分别有67和128个；包含202个正电荷氨基酸，其中赖氨酸和精氨酸分别有169和33个；含量最高和最低的氨基酸分别为赖氨酸和色氨酸(表1)。
表 1 东方蜜蜂微孢子虫SMC的氨基酸组成Table 1. Amino acid composition of SMC in Nosema ceranae氨基酸
Amino acid数量
Number占比/%
Proportion氨基酸
Amino acid数量
Number占比/%
Proportion丙氨酸 Ala 27 2.50 亮氨酸 Leu 128 11.60 精氨酸 Arg 33 3.00 赖氨酸 Lys 169 15.30 天冬酰胺 Asn 94 8.50 蛋氨酸 Met 28 2.50 天冬氨酸 Asp 67 6.10 苯丙氨酸 Phe 35 3.20 半胱氨酸 Cys 13 1.20 脯氨酸 Pro 12 1.10 谷氨酰胺 Gln 31 2.80 丝氨酸 Ser 64 5.80 谷氨酸 Glu 128 11.60 苏氨酸 Thr 43 3.90 甘氨酸 Gly 29 2.60 色氨酸 Trp 1 0.10 组氨酸 His 15 1.40 酪氨酸 Tyr 46 4.20 异亮氨酸 Ile 101 9.20 缬氨酸 Val 38 3.40 SMC的脂溶系数为93.49，平均亲水系数为−0.740，亲水氨基酸数量比疏水氨基酸多(图1A)，说明该蛋白为亲水性蛋白。SMC中不存在典型的信号肽，说明其为胞内蛋白(图1B)。另外，在SMC中预测到104个磷酸化位点，包含50个丝氨酸、26个酪氨酸和28个苏氨酸磷酸化位点(图1C)。
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图 1 东方蜜蜂微孢子虫SMC的分子特性预测Figure 1. Molecular characteristic prediction of SMC in Nosema ceranae二级结构分析结果显示，SMC含有787个(71.42%)α−螺旋，106条(9.62%)β−折叠，49个(4.45%)β−转角和160个(14.52%)无规则卷曲(图2A)。三级结构分析结果显示，SMC的模板为6yvu.1.B，序列相似性为31.26%，其中61.00%的残基自信度达80%以上(图2B)。此外，SMC同时定位于细胞核、细胞质和线粒体，占比分别为78.30%、8.70%和13.00%。
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图 2 东方蜜蜂微孢子虫SMC的二级结构(A)和三级结构(B)预测Figure 2. Prediction of secondary structure (A) and tertiary structure (B) of Nosema ceranae SMC2.2 SMC的保守基序与结构域分析
在东方蜜蜂微孢子虫SMC中预测到9个保守基序，分别为Motif 1、2、3、4、5、6、7、8、9；类似地，在海伦脑炎微孢子虫、颗粒病微孢子虫Nosema granulosis、麦格水蚤汉氏孢虫Hamiltosporidium magnivora、康氏泰罗汉孢虫Thelohania contejeani、菲尼斯毕罗酵母、指间毛廯菌Trichophyton interdigitale、紫色毛廯菌Trichophyton violaceum、发廯菌和黑曲霉的SMC中同样预测上述9个Motif(图3)，说明SMC在东方蜜蜂微孢子虫和其他真菌物种中高度保守。
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图 3 东方蜜蜂微孢子虫和其他9个物种SMC包含的保守基序Figure 3. Conserved motifs included in SMC of Nosema ceranae and other nine species在东方蜜蜂微孢子虫SMC中预测到4个结构域，包括1个SMC_N、1个SMC_hinge、1个AAA_29和1个AAA_23；在海伦脑炎微孢子虫、指间毛廯菌和黑曲霉SMC中同样预测到1个SMC_N、1个SMC_hinge、1个AAA_23和1个AAA_21；在颗粒病微孢子虫、麦格水蚤汉氏孢虫TBU02480.1和康氏泰罗汉孢虫SMC中预测到2个相同的结构域，包括1个SMC_N和1个SMC_hinge；在麦格水蚤汉氏孢虫TBU02444.1 SMC中预测到6个结构域，包括1个SMC_N、1个SMC_hinge、1个AAA_29、1个AAA_21、1个AAA_23和1个AAA_15；在菲尼斯毕罗酵母SMC中预测到5个结构域，包括1个SMC_N、1个SMC_hinge、1个AAA_29、1个AAA_21和1个AAA_23；在紫色毛廯菌SMC中预测到3个结构域，包括1个SMC_N、1个SMC_hinge和1个AAA_15；在发廯菌SMC中预测到3个结构域，包括1个AAA_21、1个SMC_N和1个SMC_hinge(图4)。进一步分析发现东方蜜蜂微孢子虫和其他9个物种的SMC中均含有1个SMC_N和1个SMC_hinge(图4)。以上结果进一步说明SMC在东方蜜蜂微孢子虫和其他真菌物种中高度保守。
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图 4 东方蜜蜂微孢子虫和其他9个物种SMC的结构域比较Figure 4. Comparison of structural domains within SMC in Nosema ceranae and other nine species2.3 SMC的系统进化分析
如表2所示，东方蜜蜂微孢子虫、海伦脑炎微孢子虫、颗粒病微孢子虫、康氏泰罗汉孢虫、菲尼斯毕罗酵母、指间毛廯菌、紫色毛廯菌、发廯菌和黑曲霉均仅含有1个SMC，而麦格水蚤汉氏孢虫含有2个SMC。
表 2 东方蜜蜂微孢子虫与其他9个物种的SMC蛋白概览Table 2. Overview of SMC proteins in Nosema ceranae and other nine species物种
Species数量
NumberGenBank数据库收录号
Accession ID in GenBank database东方蜜蜂微孢子虫 Nosema ceranae 1 XP_024332082.1 海伦脑炎微孢子虫 Encephalitozoon hellem 1 KAG5859151.1 颗粒病微孢子虫 Nosema granulosis 1 KAF9763737.1 麦格水蚤汉氏孢虫 Hamiltosporidium magnivora 2 TBU02444.1、TBU02480.1 康氏泰罗汉孢虫 Thelohania contejeani 1 KAF7683982.1 菲尼斯毕罗酵母 Piromyces finnis 1 ORX56484.1 指间毛廯菌 Trichophyton interdigitale 1 KAF3899244.1 紫色毛廯菌 Trichophyton violaceum 1 OAL71733.1 发廯菌 Trichophyton tonsurans 1 EGD94457.1 黑曲霉 Aspergillus melleus 1 XP_045938706.1 氨基酸序列多重比对结果显示，东方蜜蜂微孢子虫与菲尼斯毕罗酵母的SMC序列相似性最高，达到61.96%，其次是与指间毛廯菌、发廯菌、紫色毛廯菌和黑曲霉，SMC序列相似性均为60.98%，与康氏泰罗汉孢虫的SMC序列相似性最低(34.73%)。
系统进化分析结果显示，东方蜜蜂微孢子虫、颗粒病微孢子虫、麦格水蚤汉氏孢虫、康氏泰罗汉孢虫和海伦脑炎微孢子虫的SMC聚为一个大支，而发廯菌、指间毛廯菌、紫色毛廯菌、黑曲霉和菲尼斯毕罗酵母的SMC聚为一个大支；东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微孢子虫的SMC聚为一支，且置信度达到99%，说明二者SMC的进化距离最近(图5)。
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图 5 邻接法构建基于SMC的东方蜜蜂微孢子虫与其他9个物种的系统进化树Figure 5. Phelogenetic tree of Nosema ceranae and other nine species based on SMC by neighbor-joining method3. 结论与讨论
目前，由于缺乏成熟的转基因操作技术体系，东方蜜蜂微孢子虫绝大多数基因功能未明，相关信息匮乏。本研究通过生物信息学手段对东方蜜蜂微孢子虫NCCS基因编码的SMC进行分子特性解析，结果显示，SMC的分子式为C5787H9418N1526O1771S41，包含1 102个氨基酸，相对分子质量约130 020，等电点为8.28，脂溶系数为93.49，平均亲水系数为−0.740，亲水氨基酸数量多于疏水氨基酸，说明SMC可能是亲水性蛋白；不含信号肽和跨膜螺旋区，说明SMC可能为胞内蛋白和非跨膜蛋白。以上结果丰富了东方蜜蜂微孢子虫NCCS基因的基本信息，为进一步开展相关功能研究提供了有价值的参考信息。另外，预测SMC同时定位于细胞核、细胞质和线粒体，但主要定位于细胞核(占比78.30%)，鉴于染色体主要存在于细胞核，上述结果符合客观实际；但预测到少量SMC分布于细胞质和线粒体，一方面需要通过分子生物学试验加以验证，另一方面暗示SMC功能的潜在多样性。
真核生物中存在6种SMC，这6种蛋白两两结合形成异二聚体，进而结合其他组分形成复合体，分别为黏结蛋白复合体、凝聚蛋白复合体和SMC5-SMC6复合体，这些复合体在DNA修复、重组与复制等方面发挥重要作用[14]。SMC在进化上较为保守，从微生物到哺乳动物的SMC蛋白都具有相似的结构[15]。本研究在东方蜜蜂微孢子虫、海伦脑炎微孢子虫、麦格水蚤汉氏孢虫、颗粒病微孢子虫、康氏泰罗汉孢虫、菲尼斯毕罗酵母、指间毛廯菌、紫色毛廯菌、发廯菌和黑曲霉的SMC中均预测到Motif 1~9共9个保守基序；此外，发现东方蜜蜂微孢子虫和上述其他物种的SMC均含有1个SMC_N和1个SMC_hinge。以上结果表明SMC在东方蜜蜂微孢子虫和其他真菌中具有高度保守性，推测SMC在东方蜜蜂微孢子虫和上述其他真菌中发挥类似功能。本研究发现，东方蜜蜂微孢子虫、颗粒病微孢子虫、海伦脑炎微孢子虫、麦格水蚤汉氏孢虫和康氏泰罗汉孢虫的SMC聚为一个大支，说明这些物种的SMC亲缘关系较近；东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微孢子虫的SMC聚为一支，置信度为99 %，说明二者的SMC进化距离最近。
前人研究发现SMC的C端和N端相互结合形成ATP酶功能域，因此SMC蛋白也属于ABC(ATP binding cassette)蛋白家族[16]，ABC蛋白在东方蜜蜂微孢子虫的生命活动中起到重要作用[17]。因此，推测SMC在东方蜜蜂微孢子虫中发挥的功能类似于ABC蛋白。
通过建立东方蜜蜂微孢子虫侵染成年蜜蜂的模式进行东方蜜蜂微孢子虫的基因功能研究已见诸报道[18-19]。我们下一步拟通过体外转录合成NCCS的dsRNA，并通过饲喂法探究东方蜜蜂微孢子虫侵染蜜蜂宿主过程中NCCS的功能。
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图 1 鸡circSFMBT2成环验证
A：circSFMBT2环化位置扩增结果，M：DL2000 marker，1~3：以麒麟鸡肝脏组织1日龄cDNA模板扩增circSFMBT2成环位置；B：circSFMBT2成环位置扩增测序结果；C：circSFMBT2结构示意图
Figure 1. Validation of the junction of chicken circSFMBT2
A: Amplification result of circSFMBT2 junction site, M:DL2000 marker, 1−3: Amplification of circSFMBT2 junction site with one day old cDNA template from Kirin chicken liver tissue; B: Sequencing result of circSFMBT2 junction position; C: Structure diagram of circSFMBT2z
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图 2 circSFMBT2和SFMBT2 mRNA对RNase R耐受性和反转录分析
“*”表示差异显著(P < 0.05，t检验)
Figure 2. Tolerance of the chicken circSFMBT2 and SFMBT2 mRNA to RNase R and reverse transcription analysis
“*” indicates significant difference (P < 0.05, t test)
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图 3 麒麟鸡 circSFMBT2和SFMBT2 mRNA组织表达谱
A：14胚龄circSFMBT2表达；B：14胚龄SFMBT2 mRNA表达；C：1周龄circSFMBT2表达；D：1周龄SFMBT2 mRNA表达；T1：心脏，T2：肝脏，T3：脾脏，T4：肺脏，T5：肾脏，T6：胸肌，T7：腿肌；各组织的RNA表达量为相对于T1的表达量；柱子上方的不同小写字母表示差异显著(P<0.05， LSD法)
Figure 3. circSFMBT2 and SFMBT2 mRNA expression profiles in tissues of Kirin chickens
A: circSFMBT2 expression of 14 embryo age; B: SFMBT2 mRNA expression of 14 embryo age; C: circSFMBT2 expression of one week age; D: SFMBT2 mRNA expression of one week age; T1: Heart, T2: Liver, T3: Spleen, T4: Lung, T5: Kidney, T6: Pectoral, T7: Leg muscle; The RNA expression level in each tissue is relative to the expression level in T1; Different lowercase letters on bars indicate significant differences (P<0.05, LSD test)
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图 4 麒麟鸡circSFMBT2和SFMBT2 mRNA的时序表达规律
A：胸肌中circSFMBT2表达；B：腿肌中circSFMBT2表达；C：胸肌中SFMBT2 mRNA表达；D：腿肌中SFMBT2 mRNA表达；E14、E16和E18分别表示14、16、18胚龄，1W~6W表示1~6周龄；各阶段的RNA表达量为相对于第6周的表达量；柱子上方的不同小写字母表示差异显著(P<0.05，LSD法)
Figure 4. Temporal expression pattern of circSFMBT2 and SFMBT2 mRNA of Kirin chickens
A: circSFMBT2 expression in breast muscle; B: circSFMBT2 expression in leg muscle; C: SFMBT2 mRNA expression in breast muscle; D: SFMBT2 mRNA expression in leg muscle; E14, E16 and E18 indicate 14,16 and 18 embryo ages respectively，1W−6W indicate 1 to 6 week age; The RNA expression level in each stage is relative to the expression level in the 6th week; Different lower case letters on bars indicate significant differences (P<0.05, LSD test)
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图 5 过表达鸡circSFMBT2对DF-1细胞增殖的影响
“*”和“**”分别表示与对照组在0.05和0.01水平差异显著(t 检验)
Figure 5. Effect of chicken circSFMBT2 overexpression on proliferation of DF-1 cells
“*” and “**” indicate significant differences from control group at 0.05 and 0.01 levels, respectively(t test)
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图 6 转染pCD2.1-ciR和pCD2.1-circSFMBT2后荧光显微镜下的细胞状态(标尺=250 µm)
Figure 6. Cell state under fluorescence microscope after transfected with pCD2.1-ciR and pCD2.1-circSFMBT2(Scale bar=250 µm)
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图 7 Edu中阳性细胞统计结果
“**”表示与对照组差异显著(P<0.01，t 检验)
Figure 7. Statistical results of positive cells in Edu
“**” indicates significant difference from control group (P<0.01, t test)
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图 8 转染pCD2.1-circSFMBT2和pCD2.1-ciR后增殖标记基因表达的变化
“*”表示与对照组差异显著(P<0.05，t 检验)
Figure 8. Expression changes of proliferation marker genes after transfection with pCD2.1-circSFMBT2 and pCD2.1-ciR
“*” indicates significant difference from control group (P<0.05, t test)
表 1 引物序列及用途
Table 1 Sequences and uses of primers
引物或基因名称
Primer or gene
name引物序列(5'→3')
Primer
sequence退火温度/ ℃
Anealing
temperature产物长度/bp
Product
length用途
PurposeCircSFMBT2-D F：ACAGAGGGAAGACATACAGG
R：GCAGCGGTGGTTGATGTA56 600 环状验证
Circular verificationCircSFMBT2-full F：GTTTACAGATGCCCTCTCCAGA
R：CTCTGCAGAGCCTGCAGCATT58 827 全长克隆
Full length cloningCircSFMBT2-V F：CGGAATTCTAATACTTTCAG
GTTTACAGATGCCCTCTCCAGA
R：CGGGATCCAGTTGTTCTTAC
CGGAATTCTAATACTTTCAG63 867 构建过表达载体
Construction of overexpression vectorSFMBT2-DL F：TCAGACAGACCTCCTCCT
R：AGTCACAGTCCACTCCAAT60 162 线性基因定量
Linear gene quantificationGAPDH F：AGGACCAGGTTGTCTCCTGT
R：CCATCAAGTCCACAACACGG57 153 内参基因
Reference genePCNA F：CTCTGAGGGCTTCGACACCT
R：ATCCGCATTGTCTTCTGCTCT58 133 增殖标记基因定量
Proliferative marker gene quantificationCCND1 F：AACCCACCTTCCATGATCGC
R：CTGTTCTTGGCAGGCTCGTA58 168 增殖标记基因定量
Proliferative marker gene quantificationCDK2 F：GTACAAGGCCCGGAACAAGG
R：TTCTCCGTGTGGATCACGTC58 159 增殖标记基因定量
Proliferative marker gene quantification
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[1] MEMCZAK S, JENS M, ELEFSINIOTI A, et al. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency[J]. Nature, 2013, 495(7441): 333-338. doi: 10.1038/nature11928
[2] ZHANG Y, XUE W, LI X, et al. The biogenesis of nascent circular RNAs[J]. Cell Reports, 2016, 15(3): 611-624. doi: 10.1016/j.celrep.2016.03.058
[3] JECK W R, SORRENTINO J A, WANG K, et al. Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats[J]. RNA, 2013, 19(2): 141-157. doi: 10.1261/rna.035667.112
[4] ZHANG C, WU H, WANG Y, et al. Circular RNA of cattle casein genes are highly expressed in bovine mammary gland[J]. Journal of Dairy Science, 2016, 99(6): 4750-4760. doi: 10.3168/jds.2015-10381
[5] SALZMAN J, GAWAD C, WANG P L, et al. Circular RNAs are the predominant transcript isoform from hundreds of human genes in diverse cell types[J]. PLoS One, 2012, 7(2): e30733. doi: 10.1371/journal.pone.0030733
[6] HUANG A, ZHENG H, WU Z, et al. Circular RNA-protein interactions: Functions, mechanisms, and identification[J]. Theranostics, 2020, 10(8): 3503-3517. doi: 10.7150/thno.42174
[7] LI Z, HUANG C, BAO C, et al. Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus[J]. Nature Structural & Molecular Biology, 2015, 22(3): 256-264.
[8] LI H, YANG J, WEI X, et al. CircFUT10 reduces proliferation and facilitates differentiation of myoblasts by sponging miR-133a[J]. Journal of Cellular Physiology, 2018, 233(6): 4643-4651. doi: 10.1002/jcp.26230
[9] LEGNINI I, DI TIMOTEO G, ROSSI F, et al. Circ-ZNF609 is a circular rna that can be translated and functions in myogenesis[J]. Molecular Cell, 2017, 66(1): 22-37. doi: 10.1016/j.molcel.2017.02.017
[10] KLYMENKO T, PAPP B, FISCHLE W, et al. A Polycomb group protein complex with sequence-specific DNA-binding and selective methyl-lysine-binding activities[J]. Genes & Development, 2006, 20(9): 1110-1122.
[11] GRIMM C, MATOSR R, LY-HARTIG N, et al. Molecular recognition of histone lysine methylation by the Polycomb group repressor dSfmbt[J]. The EMBO Journal, 2009, 28(13): 1965-1977. doi: 10.1038/emboj.2009.147
[12] SUN H, XI P, SUN Z, et al. Circ-SFMBT2 promotes the proliferation of gastric cancer cells through sponging miR-182-5p to enhance CREB1 expression[J]. Cancer Management and Research, 2018, 10: 5725-5734. doi: 10.2147/CMAR.S172592
[13] 李长生, 张莞萍, 任中海. circ-SFMBT2通过靶向miR-7-5p/ADAM10轴对非小细胞肺癌细胞生物学行为的影响[J]. 中华医学遗传学杂志, 2022, 39(2): 162-170. doi: 10.3760/cma.j.cn511374-20201221-00895 [14] WEI X, LI H, YANG J, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circLMO7 that regulates myoblasts differentiation and survival by sponging miR-378a-3p[J]. Cell Death & Disease, 2017, 8(10): e3153.
[15] OUYANG H, CHEN X, LI W, et al. Circular RNA circSVIL promotes myoblast proliferation and differentiation by sponging miR-203 in chicken[J]. Frontiers in Genetics, 2018, 9: 172. doi: 10.3389/fgene.2018.00172
[16] 骆甲, 王型力, 孙志超, 等. 植物环状 RNA 研究进展[J]. 遗传, 2018, 40(6): 467-477. [17] RYBAK-WOLF A, STOTTMEISTER C, GLAZAR P, et al. Circular RNAs in the mammalian brain are highly abundant, conserved, and dynamically expressed[J]. Molecular Cell, 2015, 58(5): 870-885. doi: 10.1016/j.molcel.2015.03.027
[18] CONN V M, HUGOUVIEUX V, NAYAK A, et al. A circRNA from SEPALLATA3 regulates splicing of its cognate mRNA through R-loop formation[J]. Nature Plants, 2017, 3: 17053. doi: 10.1038/nplants.2017.53
[19] LI X, YANG L, CHEN L L. The biogenesis, functions, and challenges of circular RNAs[J]. Moleluclar Cell, 2018, 71(3): 428-442. doi: 10.1016/j.molcel.2018.06.034
[20] CHEN X, HAN P, ZHOU T, et al. circRNADb: A comprehensive database for human circular RNAs with protein-coding annotations[J]. Scientific Reports, 2016, 6: 34985. doi: 10.1038/srep34985
[21] QU S, YANG X, LI X, et al. Circular RNA: A new star of noncoding RNAs[J]. Cancer Letters, 2015, 365(2): 141-148. doi: 10.1016/j.canlet.2015.06.003
[22] ASHWAL-FLUSS R, MEYER M, PAMUDURTI N, et al. circRNA biogenesis competes with pre-mRNA splicing[J]. Molecular Cell, 2014, 56(1): 55-66. doi: 10.1016/j.molcel.2014.08.019
[23] ZHOU B, YANG H, YANG C, et al. Translation of noncoding RNAs and cancer[J]. Cancer Letters, 2021, 497: 89-99. doi: 10.1016/j.canlet.2020.10.002
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