Analyses of Ipomoea batatas cultivated species and wild relatives based on mtDNA and cpDNA sequences
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摘要:目的
利用线粒体DNA(Mitochondrial DNA，mtDNA)序列和叶绿体DNA(Chloroplast DNA，cpDNA)matK序列对甘薯Ipomoea batatas栽培种及近缘野生种进行分子鉴定和亲缘关系分析，为甘薯栽培种和近缘野生种的种质鉴定、保护及开发利用提供理论依据。
方法以3个甘薯栽培种及8个近缘野生种为材料，采用CTAB法提取基因组DNA，通过PCR扩增mtDNA序列和cpDNA matK序列，使用DnaSP 6.0对序列进行核苷酸多态性、单倍型多样性等特征分析，并基于邻接法构建3个甘薯栽培种及8个近缘野生种的系统发育进化树。
结果5个mtDNA序列和cpDNA matK序列经测序、比对、拼接后，长度为6 713 bp，GC占比在47.79%~48.31%之间。合并序列的单倍型数量、核苷酸多态性、变异位点数量、单一突变位点数量、简约信息位点数量和插入/缺失位点数量分别为9、0.003 25、69、39、30和111。中性检验显示，合并序列差异不显著(P>0.10)，遵循中性进化模型。3个甘薯栽培种及8个近缘野生种间的遗传距离在0.000 00~0.005 84之间，平均遗传距离0.003 26，遗传多样性较低；按照亲缘关系被分为2大类，各大类内部亲缘关系较近。
结论本研究采用的序列可对甘薯栽培种和近缘野生种进行准确的鉴定区分，为甘薯近缘野生种的进化和利用提供参考和理论指导。
Abstract:ObjectiveTo conduct molecular identification and genetic relationship analysis of Ipomoea batatas cultivated species and wild relatives based on mitochondrial DNA (mtDNA) and chloroplast DNA (cpDNA) matK sequences, and provide theoretical bases for germplasm identification, protection, development and utilization.
MethodThree cultivated species and eight wild relatives were used as materials, from which total DNA was extracted by the CTAB method. Their mtDNA and cpDNA matK sequences were amplified by PCR. DnaSP 6.0 was used to analyze nucleotide diversity, haplotype diversity and other characteristics. The phylogenetic tree of three cultivated species and eight wild relatives was constructed based on the neighbor-joining method.
ResultThe length of five mtDNA regions and one cpDNA region was 6 713 bp after sequencing, alignment and splicing, the GC proportion was 47.79%−48.31%, and the haplotype number, nucleotide diversity, variable site number, singleton variable site number, parsimony informative site number, insertion/deletion site number were 9, 0.003 25, 69, 39, 30, 111, respectively. The neutrality test showed there was no significant difference between Tajima’sD values at the level of P>0.10, which indicated that variation of those regions followed neutral theory of molecular evolution. The genetic distances among three cultivated species and eight wild relatives ranged from 0.000 00 to 0.005 84, with an average genetic distance of 0.003 26, indicating low genetic diversity. The phylogenetic tree divided the 11 species into two categories with close genetic relationship within the category.
ConclusionThe sequences used in this study can accurately identify I. batatas cultivated species and wild relatives, and provide references and theoretical guidance for the evolution and utilization of I. batatas wild relatives.
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Keywords:
- Ipomoea batatas /
- mitochondrial DNA /
- matK sequence /
- phylogeny /
- genetic diversity
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藏猪是少有的高原型地方猪种，是我国宝贵的地方品种资源[1]。据调查，藏猪产仔数并不低，母猪的营养水平低下和乳腺发育不佳以及生存条件较恶劣可能是导致仔猪死亡率高的主要原因[2]。乳腺的良好发育是正常泌乳的前提，仔猪的存活率与母猪的乳腺发育密不可分。因此，研究藏猪妊娠期乳腺发育状况对于判断乳腺是否正常发育以及提高藏猪繁殖能力具有重要意义。
妊娠期是母猪乳腺发育的关键时期，特别是妊娠后1/3阶段，即妊娠75 d后，乳腺快速发育，其质量快速增加，乳腺结构由怀孕初期的以脂肪细胞为主转化为怀孕后期以导管和腺泡结构为主[3]；妊娠期乳腺发育受到雌二醇(Estradiol，E2)、孕酮(Progesterone，P)、催乳素(Prolactin，PRL)[4]等激素的调控。E2对于乳腺导管的伸长和分支具有重要作用[5]；P与E2相似，由卵巢分泌，调控乳腺组织的导管分枝、腺泡形成[6]；PRL促进乳腺腺泡的发育及乳汁的分泌[7-8]。此外，在信号通路方面，PI3K/Akt是细胞内重要的信号转导通路，在乳腺细胞的增殖、分化、凋亡等活动中发挥重要的生物学功能[9-11]。Jak2/STAT5信号通路对乳腺腺泡的生成和多种乳汁蛋白基因的转录有着重要的调控作用[12-13]。但是，目前对于藏猪妊娠期乳腺的发育情况及激素和信号通路调控尚不清楚。
本试验以藏猪为对象，选取妊娠期不同时间点，在研究乳腺发育形态的基础上，进一步探索不同时间点血清中E2、P、PRL的水平，乳腺中激素受体的表达及乳腺发育关键信号通路PI3K/Akt和Jak2/STAT5的变化。研究旨在初步探究妊娠期藏猪乳腺发育过程及其潜在调控机制，为日后藏猪乳腺发育规律的揭示和地方品种的保护提供科学依据。
1. 材料与方法
1.1 试验动物
妊娠藏猪选取4个时间点(妊娠33、50、75和90 d)进行屠宰采样，采集血后离心取血清，采集第3、4对乳腺组织提取蛋白质，取第4对靠近乳头部乳腺进行石蜡切片染色。
1.2 试验材料
雌二醇、孕酮和催乳素ELISA试剂盒购于南京建成生物工程有限公司；催乳素受体(Prolactin receptor,PRLR)(货号：382057)、雌激素受体(Estrogen receptor,ER)(货号：220467)、孕酮受体(Progesterone receptor, PR)(货号：220124)抗体购于正能生物有限公司，蛋白酪氨酸激酶2(Janus kinase 2, Jak2)(货号：3230)、磷酸化蛋白酪氨酸激酶2 (p-Jak2)(货号：3771)、信号转导及转录激活因子5 (Signal transducers and activators of transduction 5, STAT5)(货号：9359)、磷酸化信号转导及转录激活因子5 (p-STAT5)(货号：4322)、磷脂酰肌醇三激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase, PI3K)(货号：4249)、磷酸化磷脂酰肌醇三激酶(p-PI3K)(货号：4228)、蛋白激酶B (Protein kinase B, AKT)(货号：9272)和磷酸化蛋白激酶B (p-AKT)(货号：4060)抗体购于Cell Signaling Technology公司；苏木素染液、伊红染液、苏木素分化液和苏木素返蓝液购于塞维尔生物公司；BCA蛋白定量试剂盒购自白泰克生物技术有限公司(北京)；ECL化学发光液购自上海雅酶生物医药科技有限公司。
1.3 测定指标及方法
乳腺采集和HE染色：切下右侧乳腺腹腺体(第4对乳腺)，体积分数为4%的多聚甲醛溶液固定24 h，石蜡包埋，切片，进行HE染色，显微镜下观察并拍照。
蛋白质免疫印迹(Western blot)：按照每10 μg乳腺组织加入100 μL裂解液进行匀浆，试剂盒抽提法提取蛋白质，按照BCA蛋白定量试剂盒进行蛋白浓度测定，调整蛋白浓度并用5×loading buffer制样，按照每孔20 μg总蛋白上样电泳，经电转至聚偏二氟乙烯(PVDF) 膜上后封闭，孵育一抗过夜，并用TBST缓冲液洗净孵育二抗，TBST缓冲液洗净后按照ECL化学发光底物说明书1∶1配置工作液，使PVDF膜与其充分反应30 s，置于曝光仪中曝光显色并拍照。
血清激素检测：按照南京建成ELISA试剂盒说明书进行检测；加入准备好的样品、标准品和生物素抗原，37 ℃条件下反应30 min；洗板5次，加入亲和素−HRP，37 ℃条件下反应30 min；洗板5次，加入显色液A、B，37 ℃条件下显色10 min；加入终止液；10 min之内读取D450 nm，计算浓度。
1.4 统计分析
数据结果用平均值±标准误表示，统计分析采用SigmaPlot 12.5软件分析，采用单因素方差分析，并用Duncan’s法对各组进行多重比较分析。
2. 结果与分析
2.1 藏猪妊娠期乳腺形态变化
乳腺HE染色结果如图1所示，妊娠33 d时，藏猪乳腺中主要是导管结构；50 d时，乳腺中出现少量腺泡结构；75 d时，乳腺中腺泡结构快速增多；至90 d时，乳腺中主要是腺泡结构。
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图 1 藏猪妊娠期不同时间点乳腺形态D：乳腺导管；A：乳腺腺泡Figure 1. Mammary gland morphology in Tibetan pigs at different time points during gestationD: Mammary ducts; A: Mammary alveolus2.2 藏猪妊娠期乳腺发育标志蛋白的表达
利用Western blot方法检测了藏猪妊娠期不同时间点乳腺发育标志蛋白Elf-5和PLIN2的表达，结果发现，在妊娠50、75和90 d时，Elf-5蛋白表达水平显著高于33 d；PLIN2的蛋白水平在75和90 d时显著高于33 d (图2、图3)。
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图 2 藏猪妊娠期不同时间点乳腺发育标志蛋白的电泳图Figure 2. Electropherograms of marker protein for mammary gland development at different time points during gestation in Tibetan pigs![]()
图 3 藏猪妊娠期不同时间点乳腺发育标志蛋白相对表达量相同标志蛋白柱子上方的不同小写字母表示差异显著(P<0.05，Duncan’s法)Figure 3. Relative expressions of marker proteins for mammary gland development at different time points during gestation in Tibetan pigsDifferent lowercase letters on bars of the same marker protein indicate significant differences (P<0.05，Duncan’s method)2.3 藏猪妊娠期血清激素水平
如表1所示，妊娠期不同时间点藏猪血清中E2、P和PRL的水平随着妊娠的进行呈升高趋势。其中E2水平逐渐升高，到妊娠90 d达到最高水平，为42.82 ng/L；P水平在75和90 d显著高于33和50 d，90 d P水平达到36.76 μg/L；PRL水平在50 d升高，75 d显著高于33 d但与50 d无显著差异，90 d时达到最高，为66.53 μg/L，显著高于其他时间点。
表 1 藏猪妊娠期不同时间点的血清激素水平1)Table 1. Serum hormone levels at different time points during gestation in Tibetan pigst妊娠/d
Days of gestationρ(E2)/
(ng·L−1)ρ(P)/
(μg·L−1)ρ(PRL)/
(μg·L−1)33 14.56±0.82a 31.55±1.15a 44.86±1.36a 50 22.30±0.71b 32.36±0.62a 54.12±2.73b 75 27.56±0.91c 35.19±0.90b 52.91±1.31b 90 42.82±2.25d 36.76±0.94b 66.53±2.87c 1)同列数据后的不同小写字母表示差异显著(P<0.05，Duncan’s 法)
1) Different lowercase letters in the same column indicate significant differences (P<0.05，Duncan’s method)2.4 藏猪妊娠期激素受体的蛋白表达模式
利用Western blot方法检测了藏猪妊娠期不同时间点乳腺中激素受体的蛋白表达。结果显示，妊娠50 d时PRLR表达水平显著高于33 d，在90 d时达到最高；ER表达水平在50 d时显著增加，在50、75和90 d时水平相当；在75 d时PR表达水平显著高于33和50 d，在90 d时达到更高(图4、图5)。
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图 4 藏猪妊娠期不同时间点乳腺中激素受体电泳图Figure 4. Electropherograms of the hormone receptors at different time points during gestation in mammary glands of Tibetan pigs![]()
图 5 藏猪妊娠期不同时间点乳腺中激素受体蛋白相对表达量相同激素受体柱子上方的不同小写字母表示差异显著(P<0.05，Duncan’s法)Figure 5. Relative expressions of the hormone receptors at different time points during gestation in mammary glands of Tibetan pigsDifferent lowercase letters on bars of the same hormone receptor indicate significant differences (P<0.05，Duncan’s method)2.5 藏猪妊娠期乳腺发育相关信号通路变化
利用Western blot方法检测藏猪妊娠期不同时间点乳腺发育相关信号通路Jak2/STAT5和PI3K/AKT的激活情况。由图6、图7可知，妊娠75 d时，Jak2、STAT5、PI3k和AKT的磷酸化水平显著升高，90 d时，Jak2、STAT5和PI3k的磷酸化水平显著升高，提示Jak2/STAT5和PI3K/AKT信号通路被显著激活。
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图 6 藏猪妊娠期不同时间点乳腺中Jak2/STAT5和PI3K/AKT信号通路蛋白的电泳图Figure 6. Electropherograms of proteins from Jak2/STAT5 and PI3K/AKT signaling pathways at different time points during gestation in mammary glands of Tibetan pigs![]()
图 7 藏猪妊娠期不同时间点乳腺中Jak2/STAT5和PI3K/AKT信号通路的蛋白相对表达量相同信号通路柱子上方的不同小写字母表示差异显著(P<0.05，Duncan’s法)Figure 7. Relative expressions of proteins from Jak2/STAT5 and PI3K/AKT signaling pathways at different time points during gestation in mammary glands of Tibetan pigsDifferent lowercase letters on bars of the same signaling pathway indicate significant differences (P<0.05，Duncan’s method)3. 讨论与结论
3.1 藏猪妊娠期乳腺形态变化及发育标志蛋白的表达模式
妊娠期是母猪乳腺发育的重要时期。我们的研究发现，妊娠33 d时，藏猪乳腺中主要是导管结构，50 d时出现少量腺泡结构，75 d时腺泡快速增多，90 d时乳腺中主要是腺泡结构。与我们的研究结果类似的是，Ji等[14]研究发现，母猪乳腺在妊娠45 d仅316 g，75 d乳腺质量达1606 g，90 d达到2357 g；此外，Kensinger等[15]研究表明，母猪乳腺在90 d时，腺泡数量达到最大，在90~105 d，乳腺腺泡开始分泌并蓄积大量乳汁，泌乳活动即将开始等。高慧杰等[16]在奶山羊的妊娠前期也发现乳腺并没有进入快速增殖分化阶段，而是代谢和呼吸作用增强，妊娠中期有大量细胞增殖分化。
Elf-5在妊娠期和哺乳期对乳腺腺泡的增殖和分化有重要作用，是调节乳腺发育中必不可少的调控因子[17-18]。PLIN2是调控乳脂生成的关键分子[19]。我们的研究结果显示，Elf-5和PLIN2在妊娠50 d后表达量显著升高，结合乳腺的形态和Elf-5、PLIN2蛋白水平，说明50 d乳腺开始发育出腺泡，75 d乳腺进入快速发育的阶段，90 d达到更高的发育程度，其中主要是腺泡结构。
3.2 藏猪妊娠期血清激素水平、乳腺激素受体及关键信号通路的蛋白表达模式
妊娠期乳腺发育受到多种激素的调节，其中，E2、P是调节妊娠期乳腺发育的主要激素，PRL是调节泌乳期乳腺发育及泌乳的的主要激素[5-6]。激素通过与其受体结合发挥作用，若敲除其受体，则乳腺无法正常发育[20]。方莉莉等[21]研究发现，在牦牛的妊娠早中期，PR在乳腺组织中表达量较少，与本文藏猪妊娠早中期PR蛋白表达较少一致。本文研究结果显示，E2、P和PRL等激素及其受体在妊娠期呈升高趋势，与乳腺的发育程度相吻合。类似地，Horigan等[22]通过体外给卵巢切除并抑制PRL分泌的猪注射E2、P、E2+PRL、E2+PRL+P，结果表明，注射E2+PRL+P这3种激素的组合方式才能最大程度地促进乳腺导管和腺泡产生，说明E2、P和PRL之间的相互作用对母猪乳腺发育起着关键作用。
PI3K/Akt和Jak2/STAT5信号通路在乳腺发育中起着重要调控作用。其中，PI3K/Akt是细胞内参与细胞信号转导的重要通路，参与细胞生长、增殖及分化等细胞过程[9, 23]。Meng等[10-11]研究表明，PI3K/Akt信号通路对乳腺发育和乳腺细胞的增殖具有重要作用。此外，JAK2/STAT5信号通路对乳腺腺泡的生成和多种乳汁蛋白基因的转录有着重要的调控作用[12-13]。我们的研究结果表明，PI3K/Akt和Jak2/STAT5信号通路在妊娠75 d后被显著激活，这与乳腺的高度发育及泌乳活动的开始有关。Palin等[24]的研究表明，梅山猪与大白猪乳腺组织实质中STAT5A和STAT5B的表达水平存在差异，STAT5发生磷酸化后易位至细胞核，与产乳靶基因启动子结合，激活并维持泌乳，梅山猪妊娠期乳腺组织中STAT5A和STAT5B的表达水平更高，能够生成更多的磷酸二聚体易位至核，同时梅山猪乳腺发育情况更好，具有更高的泌乳力。
综上所述，本文研究了藏猪妊娠期乳腺形态和乳腺发育标志蛋白、相关激素及信号通路的变化。结果发现，在藏猪妊娠过程中，其乳腺在妊娠50 d开始腺泡发育，75 d乳腺进入腺泡快速发育期，90 d发育程度更高，同时伴随着血清中乳腺发育相关激素(E2、P和PRL)和乳腺中激素受体表达的显著升高，以及乳腺发育相关通路PI3K/AKT和Jak2/STAT5的激活。研究结果为认识藏猪的乳腺发育和繁殖功能奠定了科学依据，为保护藏猪资源奠定了理论基础。
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图 1 邻接法构建系统发育进化树
图中数字表示自展值百分比/%
Figure 1. The phylogenetic tree constructed by neighbor-joining method
The number in the figure indicates the bootstrap value percentage/%
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图 2 单倍型中介邻接网络图
H_1~ H_9：单倍型，mv：可能存在的原始单倍型
Figure 2. Median-joining network for haplotypes
H_1−H_9: Haplotype, mv: The possible original haplotype
表 1 试验采用引物信息
Table 1 The information of primers used in this experiment
类别
Species基因序列
Gene sequence引物
Primer片段大小/bp
Fragment size退火温度/℃
Annealing temperature参考文献
ReferencemtDNA ccb203 F: ASGTTCTACGGACCGATGCC 500 57 [22] R: CACGGGGAGGGAGCRGGCGA ccb256 F: GGAAGTTAGCAAAGTTAGAC 520 57 [22] R: TTGTTCTTAACAGCGATGGC nad2/1-2 F: TTTTCTTCCTCATTCTKATTT 1200 57 [22] R: CCACTCTATTGTCCACTTCTA nad2/4-5 F: TTCATATAGAATCCATGTCC 1800 57 [22] R: CTATTTGTTCTTCGCCGCTT nad5/4-5 F: CCAATTTTTGGGCCAATTCC 1400 57 [23] R: CATTGCAAAGGCATAATGAT nad7/1-2 F: ACCTCAACATCCTGCTGCTC 1200 57 [23] R: CGATCAGAATAAGGTAAAGC cpDNA matK F: CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG 1500 57 [24] R: ACCCAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC 
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表 2 试验材料的序列多态性信息
Table 2 Sequence polymorphism information of experiment materials
基因序列
Gene
sequence长度/
bp
LengthGC占
比/%
GC
proportion核苷酸多态性
Nucleotide
diversity变异位点数
Variable
site
number单一突变位点数
Singleton
variable
site number简约信息位点数
Parsimony
informative
site number插入/缺失位点数
Insertion/
deletion
site numberccb203 494 46.52~47.17 0.003 20 5 2 3 6 nad2/1-2 1 247 53.90~54.69 0.000 17 1 1 0 11 nad2/4-5 1 503 48.02~48.54 0.003 43 12 3 9 63 nad5/4-5 1 665 45.93~46.50 0.003 95 20 10 10 6 nad7/1-2 964 56.39~57.23 0.001 86 4 0 4 24 matK 840 32.90~34.09 0.007 11 27 23 4 1 合并 Total 6 713 47.79~48.31 0.003 25 69 39 30 111
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表 3 试验材料的单倍型多样性
Table 3 Haplotype diversity of experiment materials
基因序列
Gene
sequence单倍型数量
Haplotype
number单倍型多样性
Haplotype
diversity单倍型多样性方差
Variance of
haplotype diversity单倍型多样性标准差
Standard deviation of
haplotype diversityccb203 5 0.818 0.006 82 0.083 nad2/1-2 2 0.182 0.020 61 0.144 nad2/4-5 8 0.927 0.004 42 0.066 nad5/4-5 8 0.927 0.004 42 0.066 nad7/1-2 5 0.818 0.006 82 0.083 matK 9 0.945 0.004 34 0.066 合并 Total 9 0.945 0.004 34 0.066
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表 4 Tajima’s D测验和Fu and Li’s D*/F*测验
Table 4 Tajima’s D test and Fu and Li’s D*/F* test
基因序列 Gene sequence Tajima’s D Fu and Li’s D* Fu and Li’s F* P ccb203 −0.321 97 −0.083 18 −0.161 10 > 0.10 nad2/1-2 −1.128 50 −1.289 46 −1.399 19 > 0.10 nad2/4-5 0.500 00 0.574 40 0.628 71 > 0.10 nad5/4-5 −0.356 59 −0.514 26 −0.537 17 > 0.10 nad7/1-2 1.018 28 1.214 66 1.312 69 > 0.10 matK −1.627 84 −2.009 96 −2.168 40 > 0.05, < 0.10 合并Total −0.639 26 −0.796 77 −0.858 74 > 0.10
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表 5 11份试验材料的遗传距离1)
Table 5 Genetic distance among 11 experimental materials
样品编号
Sample No.1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 0.003 47 3 0.002 99 0.003 63 4 0.003 78 0.001 42 0.004 42 5 0.002 99 0.005 21 0.004 73 0.005 84 6 0.003 15 0.001 10 0.003 78 0.000 94 0.004 89 7 0.002 52 0.003 15 0.003 63 0.003 78 0.004 26 0.003 15 8 0.001 89 0.003 15 0.002 68 0.004 10 0.003 63 0.003 47 0.002 52 9 0.003 47 0.003 63 0.003 15 0.003 78 0.004 89 0.003 15 0.003 15 0.003 15 10 0.003 47 0.003 63 0.003 15 0.003 78 0.004 89 0.003 15 0.003 15 0.003 15 0.000 00 11 0.003 47 0.003 63 0.003 15 0.003 78 0.004 89 0.003 15 0.003 15 0.003 15 0.000 00 0.000 00 1) 1：何鲁牵牛，2：‘黄茑萝’，3：空心菜，4：‘月光花’，5：‘黄色朝颜’，6：变色牵牛，7：旋转牵牛，8：树牵牛，9：‘浙紫薯3号’，10：‘鄂薯6号’，11：‘皖薯7号’
1) 1: Ipomoea holubii, 2: Ipomoea hederifolia var. lutea, 3: Ipomoea aquatica Forsk, 4: Ipomoea alba, 5: Ipomoea obscura Keniak, 6: Ipomoea indica, 7: Ipomoea digitata huge caudex, 8: Ipomoea carnea, 9: Ipomoea batatas ‘Zhezishu 3’, 10: Ipomoea batatas ‘Eshu 6’, 11: Ipomoea batatas ‘Wanshu 7’
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