口蹄疫病毒R株基因组序列分析研究
Genome Sequence Analysis of Foot-and-Mouth Disease Virus R Strain
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摘要: 根据GenBank上发表的口蹄疫(foot-and-mouth disease,FMD)全基因序列数据,设计了多对引物,采用RT-PCR的方法,分别对R株编码区和非编码区基因进行扩增,将各片段克隆至pMD18-T载体,进行核苷酸序列测定.按顺序拼接各基因的序列,将结果序列与GenBank上各FMDV毒株的序列进行比较和同源性分析.序列的比较和分析表明,R株编码区全长为6966个核苷酸,共编码2322个氨基酸;非编码区5’端内部核糖体结合位点(intemal ribosome entry site,IRES)长约450个核苷酸,3’非翻译区(untranslatable region,UTR)从TAA始至Poly(A)前长度为94个核苷酸,所测出Poly(A)尾长度为18个核苷酸.与GenBank世界流行毒株的序列比较,编码区核苷酸序列同源性为88%~90%,推导氨基酸序列同源性为88%~95%.